柴油发电机停机一般原则是切断燃油供给，让机器自行停下来，如果突然停机各零部件的负荷、温度骤然变化很大，会损坏零部件。所以要让柴油发电机再运行几分钟后停机；另一方面也是监测市电恢复是否稳定。若这时市电再次失电，则柴油发电机不需熄火就可再供电。停机可分为正常停机和紧急停机。
一、正常停机
当市电网正常后，柴油发电机正常停机应按以下步骤操作：
1．柴油发电机停机时，先卸下负载，将电源输出开关至“OFF”状态，应逐步降低转速：对OFF' 低速柴油发电机降至160～200r/min，高速柴油发电机降至600～700r/min，且应空载运转3～5分钟，通常不允许突然停机以防增压器过热而造成增压器轴承咬死。所以一定要待冷却水出水温度下降到75℃以下后，方可扳动调速器上的停机手柄，使柴油发电机停止转动。禁止在发动机温度超标时立即停机，因为这样可能使发动机温度升得更高。
2．当环境温度低于0℃时，停机后应放掉全部冷却水，以防柴油发电机冻裂（使用防冻液除外）。放水时应注意，停机后不能立即放水，应待水温降至40℃左右，否则会造成柴油发电机局部过热，损坏零部件。一般可在停机半小时左右再放水。
3．柴油发电机停机后，应及时排除运转时发现的故障，并按规定要求进行维护保养。
4．每次停机后，要关断总电路开关，拆开电池负极后，要拆下负载的电缆。
5．对需要停放较长时间的柴油发电机，在最后一次停机时，应将原用的机油放掉，换用封存油，再运转2min左右进行封存，并把冷却水放净（防冻液也要放出）。拆掉电瓶送电瓶间保养。
二、紧急停机
在柴油发电机组运转过程中，当发生突然故障危及人身及设备安全，或采用正常停机方法无法实现停机时，应采取紧急停机措施。如果在紧急情况下需立即停机，可以立即按急停按钮或推加油控制手柄至“0”位，而不必切断负载。
当柴油发电机发生下列情况时，必须实行紧急停机：
1．机油压力突然下降或无压力；
2．当电气部分或自动控制装置发生故障时，或电压、电流超过表上最大读数无法下降时；
3．柴油发电机转速急剧升高发生“飞车”时：
4．由于安装不好，出现“临界转速”发动机“共振”时；
5．柴油发电机内出现异常敲击声时；
6．油泵或调速器出现故障，无法调节油量时；
7．工作环境出现紧急事故；当发生危及人身安全或发电机组失火、漏电，以及其它自然灾害时。
三、紧急停机的方法：
1．立即切断供电电路卸去柴油发电机负荷；
2．迅速将加油齿杆推到底（“熄火”位置）；
3．若因“飞车”时应立即堵塞空气路或切断高压油路，把发动机憋“熄火”。
柴油发电机“飞车”时，发动机运转变速不能自控，发生超速运转，油门失去控制作用，此时发动机冒浓烟，转速剧增，声音及振动很大。
由于“飞车”的发生，进入气缸的柴油、机油过多，使各缸工作处在不断地加剧燃烧的状态，气缸内温度更高，气缸膨胀得更厉害，使活塞连杆组各零件由于运动加剧，负荷增大，超过材料承受能力，容易使缸体打坏，连杆折断，曲轴及活塞和缸套被打碎等事故。